Ingénieur en Microbiologie

Description de l'offre :

L'objectif général de l'unité MASAE (Microbiologie, Aliment, Santé, Environnement) est d'étudier la diversité et l'évolution des micro-organismes (bactéries, virus) présents dans le milieu marin et dans les aliments d'origine marine pour comprendre leurs effets sur la qualité/sécurité microbiologique des produits qui en sont issus. L'unité est composée de deux laboratoires : LSEM et EM3B, regroupant 32 permanents.

Le laboratoire EM3B (Ecosystèmes Microbiens et Molécules Marines pour les Biotechnologies) concentre ses recherches sur les bactéries marines et les mécanismes mis en jeux pour s'adapter à leur environnement biotique et abiotique. Le laboratoire mène des recherches à la fois cognitives et finalisées. Il développe un partenariat national et international avec des laboratoires publics et privés.

Vous serez placé.e sous la responsabilité hiérarchique de la responsable du laboratoire EM3B. Vous serez impliqué.e dans la thématique : « Etude des communautés bactériennes dans les produits de la mer ». Il interviendra spécifiquement dans les projets FishFresh (Feamp) et PSG (France Filière pêche). Vous contribuerez également au développement et à la pérennisation au laboratoire de méthodes de biologie moléculaire (Q-PCR notamment). Vous travaillerez donc en étroite collaboration avec les porteurs des projets ainsi que les membres du laboratoire impliqués.

Missions principales :

Vous aurez pour mission d'assurer les expérimentations de microbiologie et de biologie moléculaire nécessaires à la réalisation des projets de recherche, comprenant notamment des analyses microbiologiques sur des matrices alimentaires (poisson), l'extraction d'acides nucléiques, la réalisation de PCR et Q-PCR, la préparation d'échantillons et l'envoi pour le séquençage, la réception et la gestion des résultats. Par ailleurs vous terminerez des travaux en cours sur l'implantation au laboratoire de techniques de Q-PCR spécifiques. Vous contribuerez à la formation des techniciens sur ces méthodes moléculaires.

Activités principales :

• Participer à l'organisation des expérimentations dans le cadre des projets FishFresh (Feamp) et PSG (France Filière pêche) et assurer les analyses suivantes 
• Analyses microbiologiques classiques sur chair de poisson, tests de vieillissement, challenge tests (inoculation par des bactéries ciblées et suivi au cours du temps).
  
• Analyses moléculaires : extraction d'acides nucléiques, gestion des échantillons, envoi pour séquençage (sous-traité) (identification de bactéries isolées, metabarecoding), réception des résultats... Réalisation de Q-PCR spécifiques disponibles au laboratoire si nécessaire (Photobacterium, bactéries lactiques).
  
• Implantation au laboratoire une méthode publiée de Q-PCR spécifique pour Brochothrix thermosphacta : réalisation d'une gamme étalon en chair de poisson, extraction ADN, optimisation des conditions d'amplification, validation.
  
• En relation avec le chercheur impliqué, poursuivre le développement d'une méthode de Q-PCR spécifique pour Serratia.
  
• Former le personnel technique du laboratoire aux protocoles d'extraction d'acides nucléiques et à l'utilisation du matériel de Q-PCR afin de pérenniser les acquis.
  

Profil recherché

• Formation : Master 2 ou diplôme d'ingénieur.e en microbiologie avec une solide formation et pratique des techniques de biologie moléculaires telles que l'extraction d'ADN bactérien à partir de matrices complexes, PCR-qPCR, connaissance des analyses de données issues du séquençage haut débit.
  
• Une pratique de la microbiologie alimentaire serait un plus.
  
• Compétences techniques / métiers :
  
• Microbiologie/Bactériologie (dénombrements spécifiques en matrice alimentaire, isolement et purification de bactéries, mise en collection, travail avec des bactéries potentiellement pathogènes...).
  
• - Biologie moléculaire : Manipulation d'échantillons ADN, PCR, Q-PCR, gestion des données issues du séquençage (notamment metabarcoding, sous-traité), compréhension/interprétation des résultats en relation avec les chercheurs du laboratoire et le service bioinformatique de l'Ifremer (SeBiMER).
  

Qualités personnelles :

• Rigueur scientifique, sens de l'organisation.
  
• Sens du relationnel, de la communication et du travail en équipe.
  
• Aptitude à la transmission du savoir aux agents du laboratoire.
  
• Qualités rédactionnelles (rédaction des protocoles d'analyses, mini rapport des résultats).